Я только что нашел ответ, по крайней мере, в моей конкретной ситуации.
Форма, с которой я имею дело, это контейнер MDI верхнего уровня.По какой-то причине наличие значков 32-битного цвета не позволяет правильно интерпретировать эти полупрозрачные пиксели.Установка его на 24-битную, по прихоти, полностью решила проблему.Не уверен, что это какая-то ситуация, возникшая в результате какого-то невидимого фактора, но изменение глубины цвета решило мою проблему.
Также для тех, кто может прийти сюда с подобной проблемой, убедитесь, что окноне является потомком контейнера MDI.При поиске информации я обнаружил, что дети с MDI вообще не поддерживают TransparencyKeys.