Вы можете определить цвета в вашем файле colorscheme. Для vimdiff есть несколько групповых моментов:
DiffAdd diff mode: Added line
DiffChange diff mode: Changed line
DiffDelete diff mode: Deleted line
DiffText diff mode: Changed text within a changed line
Прежде чем редактировать свой файл цветов, вы можете начать эксперимент, определив цвета в сеансе vim, выполнив:
:highlight DiffDelete ctermfg=black ctermbg=yellow
После того, как вы нашли свои цвета, поместите их в колрошему и будьте счастливы. Или просто разместите ваши основные объявления внутри "vimrc". Зависит от того, что вы предпочитаете.
Кстати, вы также можете переключать цветовую схему при выполнении различий. Например, если вы предпочитаете другой цвет при диффузии. Это делается так:
if &diff
colorscheme some_other_scheme
endif
Удачи в экспериментах