Тебе придется дать нам немного больше, чем дальше. Что за база данных? SQLCE? MySQL? SQL Server через SqlClient? EDB? db4o? Что-то еще?
Как правило, нет проблем с одновременным открытием нескольких баз данных из одного приложения - вам просто нужно иметь отдельный объект подключения для каждого. Вы также можете иметь несколько подключений к одной и той же базе данных, при условии, что используемый вами механизм данных поддерживает это (SQL CE 3.5 поддерживает, ранее нет, SQL Server поддерживает, не знаю, поддерживает ли MySQL).
Редактировать: например, чтобы сделать 2 отдельных подключения к базе данных SQL CE, просто создайте два отдельных объекта SqlCeConnection, используя одну и ту же строку подключения.