Поскольку DROP TABLE поддерживается подготовленными операторами, это можно сделать следующим образом -
SET @tables = NULL;
SELECT GROUP_CONCAT(table_schema, '.', table_name) INTO @tables FROM information_schema.tables
WHERE table_schema = 'Database1' AND table_name LIKE 'SubTable%';
SET @tables = CONCAT('DROP TABLE ', @tables);
PREPARE stmt1 FROM @tables;
EXECUTE stmt1;
DEALLOCATE PREPARE stmt1;