Добавьте обработчик обновлений для вашего пункта меню (используя ON_UPDATE_COMMAND_UI).
Эта строка должна появиться в вашей карте сообщений:
ON_UPDATE_COMMAND_UI(ID_MYMENUITEM, OnUpdateMyMenuItem)
В обработчике используйте этот код:
void CMainFrame::OnUpdateMyMenuItem(CCmdUI *pCmdUI)
{
if (pCmdUI->m_pMenu!=NULL)
pCmdUI->m_pMenu->DeleteMenu(pCmdUI->m_nID, MF_BYCOMMAND);
}