Обработка XML-файла с помощью Ruby и Nokogiri - PullRequest
Новая
       3

Обработка XML-файла с помощью Ruby и Nokogiri

2 голосов
/ 01 июля 2010

Я новичок в программировании, так что терпите меня.У меня есть много XML-документов, которые выглядят так:

Имя файла: PRIDE_Exp_Complete_Ac_10094.xml.gz 

<ExperimentCollection version="2.1">
<Experiment>
    <ExperimentAccession>1015</ExperimentAccession>
    <Title>Protein complexes in Saccharomyces cerevisiae (GPM06600002310)</Title>
    <ShortLabel>GPM06600002310</ShortLabel>
    <Protocol>
        <ProtocolName>None</ProtocolName>
    </Protocol>
    <mzData version="1.05" accessionNumber="1015">
        <cvLookup cvLabel="RESID" fullName="RESID Database of Protein Modifications" version="0.0" address="http://www.ebi.ac.uk/RESID/" />
        <cvLookup cvLabel="UNIMOD" fullName="UNIMOD Protein Modifications for Mass Spectrometry" version="0.0" address="http://www.unimod.org/" />
        <description>
            <admin>
                <sampleName>GPM06600002310</sampleName>
                <sampleDescription comment="Ho, Y., et al., Systematic identification of protein complexes in Saccharomyces cerevisiae by mass spectrometry. Nature. 2002 Jan 10;415(6868):180-3.">
                    <cvParam cvLabel="NEWT" accession="4932" name="Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast)" value="Saccharomyces cerevisiae" />
                </sampleDescription>
                            </admin>
        </description>
        <spectrumList count="0" />
    </mzData>
        </Experiment>

Я хочу вынуть текст между ними "Заголовок"," ProtocolName "и" SampleName "и сохраните в текстовый файл с тем же именем, что и .xml.gz.Пока у меня есть следующий код (основываясь на сообщениях, которые я видел на этом сайте), но, кажется, он не работает: 

require 'rubygems'
require 'nokogiri'
doc = Nokogiri::XML(File.open("PRIDE_Exp_Complete_Ac_10094.xml.gz"))
@ExperimentCollection = doc.css("ExperimentCollection Title").map {|node| node.children.text }

Может ли кто-нибудь мне помочь?

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 05 июля 2010

Если вы довольны REXML и есть только один <Experiment> на файл, тогда может помочь что-то вроде следующего ... (кстати, приведенный выше текст является недопустимым XML, поскольку закрывающий тег <ExperimentCollection> отсутствует) 

require "rexml/document"
include REXML
xml=<<EOD
<Experiment>
    <ExperimentAccession>1015</ExperimentAccession>
    <Title>Protein complexes in Saccharomyces cerevisiae (GPM06600002310)</Title>
    <ShortLabel>GPM06600002310</ShortLabel>
    <Protocol>
        <ProtocolName>None</ProtocolName>
    </Protocol>
    <mzData version="1.05" accessionNumber="1015">
        <cvLookup cvLabel="RESID" fullName="RESID Database of Protein Modifications" version="0.0" address="http://www.ebi.ac.uk/RESID/" />
        <cvLookup cvLabel="UNIMOD" fullName="UNIMOD Protein Modifications for Mass Spectrometry" version="0.0" address="http://www.unimod.org/" />
        <description>
            <admin>
                <sampleName>GPM06600002310</sampleName>
                <sampleDescription comment="Ho, Y., et al., Systematic identification of protein complexes in Saccharomyces cerevisiae by mass spectrometry. Nature. 2002 Jan 10;415(6868):180-3.">
                    <cvParam cvLabel="NEWT" accession="4932" name="Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast)" value="Saccharomyces cerevisiae" />
                </sampleDescription>
                            </admin>
        </description>
        <spectrumList count="0" />
    </mzData>
        </Experiment>
EOD

doc = Document.new xml
doc.elements["Experiment/Title"].text
doc.elements["Experiment/Protocol/ProtocolName"].text
doc.elements["Experiment/mzData/description/admin/sampleName"].text
...