Не то чтобы это действительно имеет значение, но я не согласен с выбранным ответом:
git add -u
... удалит файлы из индекса, если соответствующие файлы в рабочем дереве были удалены, но также внесет изменения в новое содержимое отслеживаемых файлов.
git rm $(git ls-files --deleted)
... с другой стороны, будут только отслеженные удаленные файлы.
Так что последнее, на мой взгляд, является лучшим вариантом.