Я почти уверен, что ответ "нет".py2exe, похоже, зависит от CPython C API, который, я уверен, PyPy не поддерживает.(То есть я не понимаю, почему PyPy поддерживает API CPython, и я не видел упоминаний об этом ни в одном из очевидных мест на их сайте ...)