вы можете сделать то, что вы хотите программно, прямо перед тем, как создать свой сеанс как:
var cfg = new Configuration().Configure();
foreach (var pc in cfg.ClassMappings)
{//just an example
pc.Table.Schema = pc.MappedClass.Assembly.GetName().FullName.Substring(0, 3);
}
var sessionFactory = cfg.BuildSessionFactory();
обратите внимание, что обычно вы создаете фабрику сеансов только один раз, поэтому влияние на производительность (если есть) происходит только один раз.