Вы можете включить сценарий SQL для создания базы данных в свою «процедуру установки / запуска в первый раз».
Я полагаю, что вы уже заявили, что наличие формы SQL Server является необходимым условием для установки.
Для файлов данных я бы рекомендовал использовать переменную строку подключения для доступа к вашей базе данных.Таким образом, вы можете изменить процедуру установки, включив в нее запрос пользователя о том, где он хочет установить файлы данных, и сохранить его как часть строки подключения в файле app.config.
И наоборот, вы также можете использовать выбор пользователя для установки приложения, чтобы переопределить относительный путь, сохраненный для базы данных в вашем коде (используя ту же переменную строки подключения, как упомянуто выше).