Какую платформу (Windows 32/64 ?, Linux 32/64), версию Eclipse (Ganymede, Helios? 32, 64?) Вы используете?
Об этой ошибке сообщалось некоторое время назад ( ошибка 263661 ), но она была исправлена в 3.4.1 и 3.5.
Убедитесь, что на платформе x86_64 вы используете правильный jdk для правильного дистрибутива Eclipse (то есть: 32-битный JDK с 32-битным Eclipse или 64-битный JDK с 64-битным Eclipse)