Мне кажется, что здесь есть некоторая путаница с гранулярностью.Если вы версировали только отдельные вершины, но не граф, то откат отдельной вершины не должен влиять на остальную часть графа.Если, OTOH, вы хотите откатить весь граф, тогда вам также следует создать версию всего графа.
Проблема в том, что если вы версируете только отдельные вершины, то у вас есть толькогарантии целостности для отдельных вершин, но не для графа в целом.Таким образом, если, как вы описываете это, откат отдельной вершины «рябит» весь граф (или, по крайней мере, связанный подграф), то вы не гарантированно окажетесь в согласованном состоянии.
исследование, которое кажется наиболее близким к тому, что вы пытаетесь, касается контроля версий для XML, который, однако, имеет дело только со строго типизированными деревьями (вырожденными графами IOW), а не с общими графами.