Обычно лучший способ сделать это, если вы используете сервер приложений Java EE, это использовать поиск JNDI для получения соединения с базой данных вместо использования диспетчера драйверов. Таким образом, тот, кто устанавливает пул соединений JNDI, является единственным, кто должен знать пароль, и он обычно шифруется в консоли администратора, поэтому это безопасно.