Для оконного приложения необычно сохранять данные в user.home, но не «неправильно». Приложения Windows любят распространять свои данные повсюду (немного в реестре, немного в каталоге установки приложения, немного в каталоге Windows, немного в System32, немного здесь и немного там). В конце концов, это делает невозможным чистое резервное копирование или удаление чего-либо, что приводит к известной «гнили Windows» (т.е. вам приходится переустанавливать каждые несколько месяцев).
В любом случае. Если вы действительно не хотите использовать user.home (и я не вижу причин для этого), используйте код вроде this из Apache commons-lang , чтобы выяснить, работаете ли вы в Windows. Если это дает true, всплывающее диалоговое окно выбора каталога, где пользователь может указать, где они хотят сохранить свои данные.
Сохраните эту информацию в настройках и используйте этот путь при следующем запуске приложения. Таким образом, пользователи могут указать, где они хотят, чтобы их данные, и вам нужно только оставить один бит информации в настройках.