Если эти файлы должны быть изменены приложением, вам нужно сохранить их вне приложения, чтобы новые настройки загружались при следующем запуске приложения.
Для этого вы всегда можетесоздайте файл конфигурации (или настроек) и спрячьте его в файлы System.IO.IsolatedStorage
для сборки.Это все еще доступно для редактирования пользователем, но найти его немного сложно - плюс это перенесется с перемещаемыми профилями, так что настройки используются на разных машинах.
Что-то простое, чтобы помочь вам начать:
IsolatedStorage.IsolatedStorageFile storage = IsolatedStorage.IsolatedStorageFile.GetUserStoreForAssembly();
string subdirectory = "SomeDirectory";
storage.CreateFile(System.IO.Path.Combine(subdirectory, "settings.config"));