Если ваша банка является общей, то она загружается глобально в tomcat. Каждый веб-приложение видит это. Если вы поместите его в свое веб-приложение, его увидит только ваше веб-приложение. Я предполагаю, что Борис имеет в виду, что если какая-то часть вашей глобальной конфигурации tomcat загружает что-то, для чего требуется соединение mysql (например, пул соединений), тогда ему понадобится драйвер jdbc, так что он понадобится ему совместно. В противном случае нет.
Я полагаю, что есть конфигурация безопасности, которую вы можете настроить в конфигурации tomcat, которая хранит ее конфигурацию в БД. Если вы используете это, ему понадобится драйвер.
Зачем вам вещи в webapp / WEB-INF / lib? Ну, потому что он модульный, он является частью вашего веб-приложения, если вы перемещаете свое веб-приложение в другое место, ему не требуется дополнительная его часть, которая является частью вашей установки Tomcat. Обслуживание намного проще, если вы можете оставить свое веб-приложение непосредственно в стандартной установке tomcat. Другая причина - если у вас несколько веб-приложений, все они будут использовать общие файлы jar, что может вызвать конфликты библиотек и проблемы с версиями.
В общем, ставьте как можно меньше общего. Даже если у вас есть только одно приложение.