вы можете получить доступ к родительскому окну iframe с помощью window.parent
, так что вот что вы должны иметь.
jQuery(function(){
jQuery("a[rel*=facebox]").click(function () {
window.parent.$.facebox({ ajax: 'remote.html' });
});
});
при условии, что вы используете атрибут 'rel' для загрузки модальностей facebox!