Зависит от того, на что вы ссылаетесь: «внесено изменение в файл дескриптора web.xml».
Если вы внесли изменение в файл web.xml внутри вашей IDE, то, очевидно, это изменение имееткаким-то образом попасть в мир сервера приложений.Перепакуйте файл WAR и разверните его в WebSphere, чтобы изменения вступили в силу.
Если вы внесли изменение в файл web.xml во внутренних каталогах WebSphere (каталог installedApps где-то под профилем) - практикаЯ бы посоветовал против - тогда перезагрузки сервера будет достаточно, чтобы изменения вступили в силу.Само собой разумеется, что ваши изменения исчезнут при следующем развертывании приложения.