Я попробовал с flex и java в бэкэнде. В этом я могу загружать файлы до 100 МБ, используя удаленный объект (blazeDs), где мы будем читать файл как байтовый массив и отправлять его в метод java. Если после этого размер файла превышает, то я получаю ошибку времени выполнения в IE.