У меня нет большого количества советов, я немного поработал с Java, но не с BlazeDS, я просто создал веб-сервисы на стороне Java и связал их с клиентом Flex. Вероятно, это не самый эффективный способ сделать что-то, но вы можете рассмотреть его как альтернативу Blaze, если у вас есть выбор.
За общей информацией о Flex / Java стоит обратить внимание на Джеймса Уорда, вот его блог:
http://www.jamesward.com/flex-and-java-resources
Книга О'Рейли "Разработка предприятий с помощью Flex" может охватывать все, что вам нужно, но я этого не читал, поэтому не могу рекомендовать это так или иначе.
Что касается eclipse Indigo с Flex, если у вас возникли проблемы с этой комбинацией, то, возможно, просто забудьте о подключаемом модуле eclipse и загрузите Flashbuilder как отдельное приложение. Это означает, что у вас будет установлено две копии eclipse (ту, которую вы получили от Adobe с предварительно интегрированным плагином Flex, и собственную установку eclipse для разработки без Flex). Это немного расточительно, но, вероятно, более эффективно, чем пытаться определить источник проблем между Flex и Indigo.