Вы можете разархивировать любые файлы, используя плагин Ant Task Runner:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-antrun-plugin</artifactId>
<version>1.6</version>
<executions>
<execution>
<id>prepare</id>
<phase>validate</phase>
<configuration>
<tasks>
<echo message="prepare phase" />
<unzip src="zips/archive.zip" dest="output/" />
<unzip src="output/inner.zip" dest="output/" />
<unzip dest="output">
<fileset dir="archives">
<include name="prefix*.zip" />
</fileset>
</unzip>
</tasks>
</configuration>
<goals>
<goal>run</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
</plugin>