У меня была такая же проблема при первоначальном тестировании с iPhone 4.
Проблема кажется исчезла с iOS 8, и теперь звуки локальных уведомлений прекращаются при отмене после перехода в приложение.
iPhone4 [iOS - 7.1.2] - Звук локальных уведомлений продолжает воспроизводиться в приложении независимо от того, что
iPhone6 [iOS - 8.1.1] - остановка звука локального уведомления при программной отмене
Из того, что я могу сделать вывод, кажется, что исправление существует где-то в iOS 8.x
(Увы, мне не удалось найти какую-либо документацию или заметки о выпуске по этому вопросу.)
Проблема становится не проблема для приложений, ориентированных на iOS 8
(при условии, что вы отмените входящее локальное уведомление)