Я могу ошибаться, но я думаю, что это поведение по умолчанию.Я предполагаю, что вы также не найдете правильные перекрестные ссылки (сноски, примечания, литературу) после первого запуска pdflatex.
Дело в том, что LaTeX нужны дополнительные раунды для разрешения ссылок, указывающих внутридокумент, чтобы получить нумерацию и номера страниц правильно.