В настоящее время я использую fancybox для модальных объектов в проекте со следующими настройками.Благодаря этим настройкам содержимое остается фиксированным и позволяет прокручивать страницу.
$.fancybox({
'content': content,
'autoDimensions': true,
'width': 550,
'height': 'auto',
'transitionIn': 'fade',
'transitionOut': 'fade',
'speedIn': 400,
'speedOut': 400,
'padding': 0,
'modal': true
});
Помимо этого, пожалуйста, опубликуйте некоторые из ваших сценариев и разметки, и, возможно, я смогу чем-нибудь помочь.