Просто какие-нибудь примеры? Ну, на сайте MVC маршруты зарегистрированы в Application_Start. Это также хорошее место для инициализации контейнера IoC, такого как StructureMap. Может быть, инициализировать некоторые синглтоны, которые есть в вашем приложении, если вы хотите, чтобы они были легко доступны, а не привязаны к ним поздно, когда пользователь обращается к ним (например, если у них высокая стоимость инициализации, и вы бы предпочли сделать один медленный начальный переход на сайт самостоятельно чем беспокоить клиента или два с ним).
Session_Start обычно используется реже, но может быть хорошим местом для отслеживания для каждого пользователя (или для сессии, реально).