Вам нужно передать анонимный метод, чтобы сделать то, что вы хотите, например:
jQuery(function($) {
setTimeout(function() {
$.mainmenuslider({
trigger:'close'
});
}, 6000);
});
В противном случае вы пытаетесь передать результат функции (чтобы она выполнялась немедленно и ничего не выполнялась позже).