На самом деле, чтобы сделать то, что вы хотите в SQL Server 2008, мне пришлось сделать следующее (изменить все данные в EPGS: 4326):
update TestGeom set geom = geometry::STGeomFromText(geom.STAsText(), 4326)
Я не знаю, можно ли в MySQL делать то же самое. В противном случае вы можете перестроить свой стол с помощью чего-то похожего на это:
update TestGeom
set geom = geometry::STGeomFromText('POINT ('+ REPLACE(CONVERT(nvarchar, TestGeom.Lon), ',','.')+' '+REPLACE(CONVERT(nvarchar, TestGeom.Lat), ',','.')+' )', 4326)
Надеюсь, это поможет вам.