У меня была эта проблема при использовании git на виртуальной машине, где рабочая копия была общей папкой VMware.Я действительно не знаю, что решение.В моем случае я смог заставить git убрать изменения, которые, как он думал, существовали через git stash
(после проверки он оказался совершенно пустым);после того, как изменения были удалены, я мог черпать поверх чистой рабочей копии.(После этого я просто удалил тайник.)