Нет, афаик, нет способа сделать это со Скинром. То, что вы можете сделать прямо сейчас, - это найти селектор, который вы ищете в теме .css, применить его по умолчанию ко всем блокам, а затем добавить соответствующий CSS, чтобы отменить стили для каждой альтернативы скинов.
Я знаю, это боль. Skinr развивается, и я надеюсь, что он изменится к лучшему.