Колесо мыши не работает для меня ни в AS3, когда я устанавливаю wmode = прозрачный. Кроме того, мое flash-приложение работает очень странно и часто вылетает с wmode = transparent.
Кроме того, похоже, что он не работает на Firefox под Linux ... Flash-приложение всегда превыше всего.
Я бы не рекомендовал использовать wmode = transparent, если ваше приложение не для очень специфического браузера и вы не провели обширное тестирование.