Ну, никто не отвечает ... в конце я в итоге модифицирую свой оригинальный скрипт (тот, который в первую очередь создал базу данных sqlite2) для создания базы данных непосредственно в sqlite3.
Я думаю, что большой скрипт обработки строк (большой, потому что мои базы данных имеют размер 800 МБ и 200 МБ каждый) может справиться с этой задачей, но создание базы данных напрямую для меня было проще.