SQLite2 внутренне сохраняет каждое значение в виде строки, независимо от ее типа.
Обновление до SQLite3, безусловно, сократит размер базы данных, поскольку числа и BLOBS сохраняются в их собственных форматах, что может ускорить работу.
Другим большим преимуществом, на мой взгляд, является то, что последние версии sqlite (начиная с 3.6.23) поддерживают внешние ключи.
Поскольку вы использовали PHP, я бы посоветовал вам посмотреть PDO .Это может оказаться полезным в случае, если вам нужно изменить СУБД для приложения