32-битные приложения могут получить доступ к 64-битному реестру. См. Аргумент REGSAM API, например RegOpenKeyEx
Также обратите внимание, что разделены только определенные области реестра, поэтому вам, возможно, не придется ничего делать, в зависимости от того, где что хранится.
Что касается того, следует ли вам использовать реестр или перейти на что-то совершенно другое, это довольно открытый вопрос. Если вы довольны реестром, отличным от этой проблемы с 64-разрядным, то я бы сказал, что придерживайтесь его и просто используйте аргументы REGSAM, чтобы явно указать на 64-разрядный реестр, если и как требуется. (Или наоборот, чтобы ваши 64-битные приложения выглядели в 32-битном реестре.)