проверьте ветку Y на новую рабочую копию и поставьте себя там.
svn co https://path/to/branches/Y Y
cd Y
объединить изменения, необходимые для преобразования Y / y1 в X / x1 в Y / y1
svn merge https://path/to/branches/Y/y1 https://path/to/branches/X/x1 y1
совершить это
svn commit -m "Y/y1 now has the same contents as X/x1"
Если y1 имеет имя, отличное от x1 (непонятно из вашего описания), сделайте переименование:
svn mv y1 x1
svn commit -m "Y/y1 now named Y/x1"
Но, вы знаете, если ваш рабочий процесс требует от вас слияний поддеревьев, подобных этому (или, что еще хуже, хирургии деревьев, пропагандируемой другими авторами), вы, вероятно, делаете это неправильно.