Разница в развернутых зависимостях.Студия подавляет все, что, по ее мнению, необходимо для этого - сам CF и ссылки.Он выталкивает большинство из них прямо в папку приложения, где загрузчик начинает искать зависимости.
Чтобы быть на 100% ясным по вашему вопросу, если вы отлаживаете то же самое приложение, оно работает нормально, но еслисразу после выхода из этого развернутого приложения вы запускаете его вручную из того же расположения, в котором развернуло Studio (путем проверки этого в свойствах проекта), приложение не запустится?Я имею в виду абсолютно без перекомпиляции, без перезагрузки устройства, без копирования других файлов и т. Д.