Я только что настроил bugzilla на днях, похожий сценарий. Вот мой httpd.conf
NameVirtualHost xxx.xxx.xxx.local
<VirtualHost xxx.xxx.xxx.local>
ServerName xxx.xxx.xxx.local
DocumentRoot "C:/Apache2.2/htdocs"
</VirtualHost>
<VirtualHost xxx.xxx.xxx.local>
ServerName xxx.xxx.xxx.local
DocumentRoot "C:/bugzilla"
</VirtualHost>
с последующим
Alias /bugzilla "C:\bugzilla"
<Directory "C:\bugzilla">
AddHandler cgi-script .cgi
Options +Indexes +ExecCGI
DirectoryIndex index.cgi
AllowOverride Limit FileInfo Indexes
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>