Javascript
setTimeout("$.fancybox.close();", 5000); // 5000 milliseconds = 5 seconds
Код для добавления к вашим параметрам FancyBox
onComplete: function() { setTimeout("$.fancybox.close();", 5000); }
Пример
$("SELECTOR").fancybox({
'type': 'iframe',
onComplete: function() { setTimeout("$.fancybox.close();", 5000); }
});