Вы можете сделать это, применив собственный механизм обновления. Это не так уж сложно, если вы все спланируете правильно, вам даже не нужно закрывать приложение.
Мы сделали это для внутреннего проекта, где мы используем git. Я полагаю, что вы не можете полагаться на то, что Git доступен на компьютере пользователя, вы можете проверить сервер, загрузить zip-файл, распаковать его и заменить содержимое вашего приложения.
AIR не подписывает и не проверяет контрольные суммы устанавливаемых файлов, вы можете безопасно заменить их и без проблем загрузить приложение.
НТН,
J