Измените build.xml, файл сборки для Ant.Переопределите вашу цель «javadoc», чтобы включить всю информацию, которую вы считаете нужной.Решение не зависит от NetBeans, поэтому оно будет работать с любой средой сборки на основе Ant.
Здесь - некоторые очень конкретные инструкции.