Вы можете добавить событие после сборки проекта, которое будет запускать Dotfucator из командной строки при каждой сборке?Возможно, привязать только к сборкам Release, чтобы он не запускался для каждой сборки Debug.
Инструкции по запуску командной строки Dotfuscator см .: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms227238(VS.80).aspx
Это гарантирует, что каждая сборка выпусказатемненный.И тогда вы можете сослаться на запутанные сборки в файлах приложений развертывания.