После прочтения вашей правки я попытаюсь дать предположение, хотя я действительно не знаю, возможно ли это только с помощью MSI-файла. Инструмент «orca» можно загрузить из Microsoft (не связанный с «orcas», который был кодовым названием для версии Visual Studio). «Orca» может редактировать некоторые свойства MSI-файлов, так что это было бы одно место, где я бы искал возможность отключения опции восстановления.
Другое предположение, что вы можете вставить пользовательское действие достаточно рано.