Вы не можете получить список всех маркеров в V3. Карта не имеет представления о том, какие маркеры на ней находятся, только маркер знает, к какой карте она привязана.
Что вам нужно сделать, это создать массив, к которому вы добавляете информационные окна при их открытии, и удаляете их при закрытии.