git rm --cached -r somedir
Постановит удаление каталога, но ничего не коснется на диске. Это работает также для файла, например:
git rm --cached somefile.ext
После этого вы можете захотеть добавить somedir/
или somefile.ext
в ваш файл .gitignore
, чтобы git не пытался добавить его обратно.