Если файл указан в .gitignore, его нельзя изменить.
Таким образом, вы можете удалить файл из списка одним коммитом, зафиксировать изменения следующим, а затем повторно добавить файл в список игнорирования при третьем коммите.
Обычно я делю файл на два, один из которых разрешен, и я могу его изменить, включая второй файл, если он существует, тогда разработчики могут вносить изменения в конфигурацию игнорируемого файла.