XCode восстановит все файлы, необходимые для проверки правильности всех изменений в файлах.Это означает, что если вы измените CCNode.c в каталоге cocos2d, вы собираетесь перестроить весь cocos2d и все, что в вашем проекте ссылалось на него.
Без указания того, какой файл вы меняете, или как это связано с вашим проектомиерархия, очень сложно ответить на ваш вопрос.