ozzwanted, по какой-то причине ваш веб-сервер (apache) работает от имени пользователя root, поэтому любой созданный файл будет создан от имени пользователя root. Это никогда не должно иметь место. apache обычно работает как «www-data» или «httpd», или «nobody» или «god», в зависимости от дистрибутива Linux.
Я предлагаю вам взглянуть на это с точки зрения системного администратора и попросить кого-нибудь разобраться за вас, прежде чем вы начнете эксплуатироваться. (при условии, что это живой сервер)
Вы можете использовать функцию www.php.net/chown или запустить команду 'chown' в командной строке или сделать это из PHP с помощью чего-то вроде функций system () или exec ().
Удачи.