У меня нет четких ответов, но я дам вам два направления для исследования, оба из которых я использовал ранее.
1 - используйте что-то вроде HtmlAgilityPack для очистки вашего HTML - вы можете пройти DOM и удалить стили и классы, которые, очевидно, могут испортить компоновку в определенной степени. Мне не ясно, нужно ли вам сохранить этот стиль или нет. Затем вы можете использовать iTextSharp или альтернативную программу, такую как HtmlDoc (которая также не поддерживает CSS) для рендеринга в PDF. Мы написали простую оболочку с методом, который берет URL, а затем вызывает Htmldoc для генерации PDF.
2 - визуализировать серверную часть HTML с помощью элемента управления WebBrowser, сгенерировать изображение из него, а затем преобразовать изображение в PDF с помощью PDFsharp или библиотеки по вашему выбору. Это, очевидно, не даст вам PDF-файлы, которые вы можете искать или копировать текст. Здесь есть довольно неплохой пример кода здесь для преобразования отрендеренной страницы в изображение (примечание: вы можете получать изображения в полный рост, а не только то, что видите без прокрутки).
Редактировать: Я не думаю, что элемент управления WebBrowser доступен в .NET 1.1.