Dotfuscator Community Edition не поддерживает полную обработку сборок из командной строки.Вы должны использовать коммерческий выпуск для сборки из командной строки.
Вы можете передать аргументы командной строки в Dotfuscator Community Edition, и он затем вызовет графический интерфейс с этими параметрами (как во втором примере), но вы все равно должны использовать графический интерфейс для запуска сборки.
PreEmptive будет предоставлять версию последней версии Dotfuscator Community Edition 5.0 (ту, которая поставляется с Visual Studio 2010) с поддержкой командной строки в ближайшем будущем.Мы еще не доработали, как он будет распространяться, но когда он будет готов, об этом будет объявлено в блоге (http://preemptive.com/blog/).