Решение будет зависеть от используемого вами установщика.Если вы вручную проверяете, установлен ли .NET 3.5 (HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ NET Framework Setup \ NDP \ v3.5 \ Install == 1) и запускаете dotNetFx35setup.exe, если необходимо, просто используйте параметр " / q"(или" / quiet") должны препятствовать отображению пользовательского интерфейса во время установки.Вы можете найти множество примеров, как это сделать с помощью Inno Setup.