Зависит от того, откуда вы запускаете PHP.Если вы запускаете его из командной строки, он использует cli/php.ini и apache2/php.ini при запуске через apache.
Вы выполняете phpinfo() через браузер, поэтому вы получаете /etc/php5/apache2/php.ini в качестве ответа.Запуск php -r "phpinfo();" | grep "Loaded Configuration" с терминала должен вывести CLI ini.Та же функция, контекст меняется.
Преимущество этой системы, очевидно, состоит в том, что она допускает различные конфигурации в зависимости от контекста.Для упрощенного примера вы можете захотеть включить safe_mode в apache, но в режиме CLI это не нужно.
Ваши .ini пути на самом деле довольно необычны.Обычно по умолчанию .ini просто php.ini, а CLI .ini называется php-cli.ini, и они находятся в одной папке.
Я не специалист по этому вопросу, но это должно быть основной идеей.Если у кого-нибудь есть исправления, я буду рад их услышать.